遂下诏追谥沈仲元为“文昭先生”，欲为其立庙祭祀。

诏书下达之日，恰逢江南大旱。各地官员正筹备建庙事宜，忽见无数百姓扶老携幼奔赴荒野，不是求神拜佛，而是自发组织疏浚河道、挖掘抗旱井。有人问他们为何如此齐心，一老农指着远处一群正在测量地形的年轻人说：“那是‘夜读社’的传人。他们说，沈先生教我们，靠天不如靠己。”

朝廷得知此事，遂收回建庙之令，改为在全国设立“思源学堂”，专授实用之学：水利、算术、医药、律法。每一学堂竣工，必在院中植柳百株，取“思源林”之意。学生们入学第一课，便是齐诵那首童谣：

>“沈先生不骑马，

>不穿紫袍不下轿。

>他走过的路长满了草，

>可草里开出的花，

>全都朝着太阳笑。”

时光荏苒，至南宋理宗朝，朱熹门人编纂《近思录补遗》，收录历代贤哲嘉言。有学者提议增列沈仲元条目，遭保守派反对，斥为“白衣干政，不足为训”。辩论持续三日，最终主持者拍案而起：“孔孟未尝居高位，岂碍其为圣贤？沈子一生为民谋利，躬行践诺，较之空谈性命者，何止高出百倍！”

于是，《近思录补遗》正式收录沈仲元语录十二条，其中一条写道：

>“天下之治，始于足下。你不扫阶前雪，却盼万里晴空，岂非痴人说梦？”

元明清三代，朝代更迭，然“思源学堂”制度延续不绝，演变成为地方义学体系。明代海瑞任应天巡抚时，曾在苏州重修一所废弃学堂，发现地基下埋有一块石板，刻着半阙词：

>“死后何须坟茔树，

>清风万里是归舟。”

海瑞抚碑良久，命人原地重建，并亲题匾额：“明镜堂”。

清代乾隆年间，纪昀奉旨编修《四库全书》，检阅天下图书。当他翻到那份匿名呈递的《民瘼录》残稿时，不禁拍案称奇：“此文质朴无华，然字字见血，句句关民命。古之所谓‘民胞物与’，不过如此！”