然林文昭之名愈盛，朝中权臣愈欲招揽。礼部尚书李贤遣人送金帛，言曰：“林君才学出众，若愿入我门下，来日必为阁臣。”林文昭拒之曰：“臣虽寒门出身，然书院之训，教以忠义，不敢以私恩负公义。”李贤闻之，面色不悦，然亦未加害。

其时，内阁之中，权臣相争，杨士奇与李贤各执一端。杨士奇主修文教，重寒门之士；李贤则重门第，倚世家之资。林文昭虽未明言立场，然其所修之书，多赞寒门之志，李贤心疑其附杨士奇，遂于朝中多方压制。

林文昭知朝中风向，遂更谨言慎行，唯以修书为务，不涉政争。(精选完本小说：)然其书稿之中，仍隐含书院之义，言寒门子弟若得教化，亦可为国之栋梁。此事为李贤所得，遂于朝中密奏，言林文昭“私议朝政，鼓动寒门”，欲削其职，逐出翰林。

林文昭闻讯，心知危矣，遂连夜修书一封，遣人密送江南书院，信中言道：“书院之志，文昭未敢忘。今在翰林，虽未授官，然已为权臣所忌，恐难久居。然书院之义，若能入朝堂之言，便可广传天下。文昭虽有危，亦不敢负书院之训。若书院能再出一名进士，辅以忠义，书院之志，方可不灭。”

书院得信后，朱承志大惊，连夜召集年长先生、林远等人议事。朱承志言道：“林文昭今在翰林，已为权臣所忌，若再有人入仕，书院之志方能得保。”年长先生沉吟良久，道：“书院之中，才俊虽多，然欲中进士，须得才学、胆识、机缘皆备之人。”朱承志道：“林远之子林景明，才学不逊于其叔，且志向坚定，若能中举，再入京师，或可继林文昭之后，为书院争光。”

林远闻言，亦道：“景明自幼聪慧，立志苦读，若能中举，定不负书院之望。”年长先生遂命林景明闭门苦读，延请名师，专攻举业。

林景明果然不负众望，次年乡试，高中亚元，名震江南。书院众人皆感振奋，纷纷以林景明为榜样，励志苦读。林景明中举后，亦被选入京师国子监，成为太学生。他在京中，亦常与林文昭书信往来，言书院之志，亦为书院陈情。

林文昭见林景明入京，心中稍安，遂于朝中多方引荐，使其得入翰林院庶常馆，与己同修《太祖实录》。林景明虽初入翰林，然其才学出众，文辞清峻，亦得内阁诸臣赏识。李贤见其亦为寒门出身，且与林文昭交厚，遂益加忌惮，欲寻其过失，逐之出翰林。

然林景明行事谨慎，未曾稍有差池，李贤无隙可乘。林文昭亦于朝中多方维护，使其得以立足。二人于翰林院中，虽未明言书院之义，然其所修之书，皆隐含书院之训，言寒门子弟亦可为国之栋梁，使朝中诸臣渐生改观。

其时，朝廷欲推行“义学新政”，命各地设立义学，以教寒门子弟。此策虽由内阁所议，然推行之际，仍遭世家反对。林文昭与林景明联名上奏，言义学之利，寒门子弟若得教化，可为国储才，亦可安民心。奏疏上达天听，天子嘉许，遂命各地推行义学新政。

书院因林文昭与林景明之功，名声更盛，朝廷亦对其愈加宽待。巡抚府遣人巡视书院时，亦未再设难。然朱承志知，书院之危仍未除，朝廷虽未再起风波，然锦衣卫与东厂之人仍在暗中监视书院一举一动。