书院诸生皆勤于学，亦勤于事，书坊、讲会、田庄皆渐有起色，书院银两亦渐自给自足，不再全赖朝廷与士绅之资。

然书院之兴，亦引来了新的风波。

一日，书院门前忽有数十名百姓围聚，皆面带怒色，高声叫嚷：“书院收银授课，岂非与士绅无异？我等寒门子弟，岂能负担此等费用？”

年长先生闻讯，亲自出迎，拱手道：“诸位乡亲，书院设书坊、讲会，皆为自立之计，并非为牟利。若诸位子弟有志求学，书院仍可设义学，免费教授。”

然百姓中有人冷笑道：“书院既得朝廷赐匾，又得士绅资助，如今竟设书坊、讲会，收取银两，岂非变了初衷？”

年长先生面色凝重，知此事若处理不当，恐伤书院声誉。他遂命诸生于讲堂集会，共议此事。

讲堂之中，诸生皆至，年长先生立于讲台之上，缓缓道：“书院之志，非为功名利禄，乃为天下寒门子弟之志。然书院若欲长久，必先自立。今书院设书坊、讲会，皆为自筹银两，以供书院之用，并非为牟利。然若百姓误以为书院变志，书院亦当自省。”

朱承志道：“书院之志，虽为寒门子弟，然书院亦需银两维持。若书院仅凭朝廷与士绅之资，恐难久远。然百姓若误以为书院变志，书院亦当澄清，并设法使寒门子弟仍能免费入学。”

林远道：“书院可设两种学制：一为义学，免费教授寒门子弟；一为讲会，收取微薄之资，供书院自给。如此，书院既能自立，亦不违背初衷。”

李文昭亦道：“书院之志，非为一己之私，乃为天下寒门子弟之志。若书院能设义学与讲会并行，既能自立，亦能教化寒门子弟。”

年长先生沉思良久，终点头道：“此事可行。书院可设义学与讲会并行，义学仍免费教授寒门子弟，讲会则收取微薄之资，以供书院之用。如此，书院既能自立，亦不违背初衷。”

遂命诸生再议，制定详细章程。书院遂设义学十所，免费教授寒门子弟，讲会五处，收取微薄之资，以供书院日常之用。

书院此举，百姓皆感欣慰，误会亦随之化解。书院之志，仍为天下寒门子弟之志，书院之精神，亦未变。

然书院之兴，虽得百姓支持，却仍有人心怀不满。

沈仲文虽已辞官归隐，然其族中仍有子弟不甘心书院之兴，暗中联络京中权贵，欲再构陷书院。