如果织田信长成功，他将建立织田幕府。那么天主教将成为日本的重要宗教。

可惜，耶稣会一百多年的发展和苦心谋划，最终随着织田信长的死去，而化为泡影。

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可惜，耶稣会一百多年的发展和苦心谋划，最终随着织田信长的死去，而化为泡影。

而丰臣秀吉在战国时代，对耶稣会也是极尽拉拢之能。毕竟，谁都知道，只有不择手段的壮大自己，才是乱世的生存之道。

但等到丰臣秀吉统一了东瀛之后，他从支持者，几乎在一夜之间变成了迫害者。

天正14年1586年/明万历14年6月19日，秀吉颁《伴天连追放令，宣布驱逐传教士。但是，他顾忌影响海外贸易，实际上法令并没有彻底落实。

英国学者贝利指出，《令颁布后，10余名传教士依然滞留在长崎并担任葡萄牙商船长崎贸易的向导，130余名耶稣会士仍在九州布教，教徒数量仍在迅勐增加，而以西班牙方济各修道会为代表的其他势力也开始进入日本。

但是，秀吉的动机，深深的影响了德川家康。德川家康统一日本后，对秀吉宗教和贸易分离的政策，深以为然。

他禁止天主教，为的是防止关西信教诸侯，勾结海外势力作乱，也为了限制他们通过外贸壮大自己的实力。

从这时候开始，幕府对教徒的迫害逐步开始加剧。

庆长2年1597年/明万历25年，秀吉下令把日本信徒及方济各会修道士总计26人在长崎钉死在十字架上，次年，丰臣秀吉病死在伏见城。

庆长18年，在家康已经明令禁止家臣信教的情况下，大名有马晴信的宗教信仰败露，旋即被剥领流放。随即被迫让家臣杀死。